Škoda Kodiaq dosáhla maximálního počtu 5 hvězd v hodnocení bezpečnosti organizace European New Car Assessment Programme (Euro NCAP). Nezávislé testy potvrdily, že vůz nabízí optimální ochranu pro všechny členy posádky. Euro NCAP na základě vlastních, nezávislých zkoušek hodnotí úroveň bezpečnosti ve čtyřech kategoriích: ochrana dospělých, dětí, chodců a aktivní bezpečnost. Kodiaq je sedmým modelem české automobilky, který získal maximální hodnocení za bezpečnost v době uvedení na trh.
Vůz získal od Euro NCAP vynikající 92 procentní hodnocení ochrany dospělých cestujících. V testech bočního nárazu do překážky dosáhl dokonce plného počtu bodů za dobrou ochranu všech citlivých částí těla. Dobře byla rovněž hodnocena ochrana oblasti krční páteře při nárazu zezadu. Organizace Euro NCAP se vyslovila k dobré funkci sériově dodávaného systému nouzového brzdění. Při testech tento systém dobře fungoval jak v nízkých rychlostech, typických pro jízdu po městě, tak rovněž zamezil téměř všem kolizím při jízdě po dálnici. Vedle posádky chrání vůz i chodce. Maximální počet bodů udělila organizace Euro NCAP za ochranu nohou chodců v oblasti nárazníku. Příznivě byla hodnocena rovněž ochrana kyčlí a jako dobrá nebo adekvátní byla vyhodnocena ochrana hlavy.
Posádku v případě nehody chrání tuhá karoserie a celkem devět airbagů: airbag řidiče a spolujezdce, hlavové airbagy, kolenní airbag řidiče, boční airbagy vpředu a vzadu. Součástí sériové výbavy je vedle výškově stavitelných tříbodových bezpečnostních pásů s předepínači a systémem Isofix pro dětské sedačky na zadních sedadlech rovněž automatická aktivace varovných blikačů při prudkém zabrzdění, v případě nehody dojde k automatickému odemčení dveří, aktivaci varovných blikačů a přerušení přívodu paliva. Pokud hrozí kolize, systém proaktivní ochrany cestujících (Crew Protect Assist) kromě toho přivře boční okna i střešní okno a přitáhne bezpečnostní pásy na předních sedadlech. Pokud dojde k nehodě, multikolizní brzda zase zamezí nekontrolovanému pohybu vozidla.
Kodiaq je vybaven kamerami a celou řadou radarových či senzorických systémů. Sledování odstupu od vpředu jedoucího vozidla (Front Assist) včetně funkce nouzové brzdy City a ochranou chodců (Pedestriant Monitor) pomáhá eliminovat kolize s chodci. Panoramatický kamerový systém (Area View) zase ukazuje, co se děje v bezprostředním okolí SUV. Parkovací asistent s automatickým brzděním (Manoeuvre Assist) a Rear Trafffic Alert pomáhají při omezeném výhledu a varují před skrytým nebezpečím.
Adaptivní tempomat (Adaptive Cruise Control), systém pro udržování vozu v jízdním pruhu (Lane Assist), hlídání mrtvého úhlu (Blind Spot Detect), asistent jízdy v dopravní zácpě (Traffic Jam Assist), identifikace dopravních značek (Traffic Sign Recognition) a Emergency Assist patří mezi další bezpečnostní systémy. K dispozici je i asistent rozpoznání únavy řidiče (Driver Alert), který omezuje riziko krizové situace způsobené únavou.
Euro NCAP je nezávislé konsorcium evropských ministerstev dopravy, automobilových klubů a svazů pojišťoven se sídlem v Belgii. Tato organizace provádí nárazové testy aktuálních modelů a poté vyhodnocuje bezpečnost vozidla na základě disponibilních bezpečnostních systémů. Společnost Euro NCAP byla založena v roce 1997. Zatímco v prvních letech se hodnotily pouze výsledky nárazových zkoušek, nyní se do celkového hodnocení zahrnují i systémy aktivní bezpečnosti.